종합부동산세 고지서를 받기 전에 반드시 확인해야 할 신청이 있습니다. 바로 2026년 종부세 합산배제와 과세특례 신청입니다.
대상자가 기간 안에 신청하면 일부 부동산이 종부세 과세 대상에서 제외되거나, 여러 채를 보유하고 있어도 1세대 1주택자 방식으로 세금을 계산받을 수 있습니다.
국세청은 혜택 적용이 예상되는 납세자 약 4만 8,000명에게 안내문을 발송했습니다. 다만 안내문을 받지 않았더라도 법정 요건을 충족하면 신청할 수 있습니다. 반대로 안내문을 받았다고 해서 자동으로 혜택이 적용되는 것은 아닙니다.
누가 신청해야 하는지, 신청하면 어떤 혜택을 받을 수 있는지 정리해 보았습니다.
1. 2026 종부세 합산배제 신청 기간은?
2026년 종부세 합산배제와 과세특례 신청 기간은 9월 16일부터 9월 30일까지입니다.
| 구분 | 일정 |
|---|---|
| 합산배제·과세특례 신청 | 9월 16일~9월 30일 |
| 종부세 고지서 발송 | 11월 22일경 |
| 종부세 납부 기간 | 12월 1일~12월 15일 |
이번에 신고하거나 신청한 내용은 11월 종합부동산세 정기고지에 반영됩니다.
신청은 홈택스 또는 서면으로 할 수 있습니다. 홈택스 로그인 후 화면 아래에 있는 세무 업무 가이드맵(Map) → 종합부동산세 메뉴로 들어가면 신청 화면과 모의계산 서비스를 이용할 수 있습니다.
2. 종부세 합산배제란?
종부세 합산배제는 일정한 요건을 충족한 주택이나 토지를 종합부동산세 과세 대상에서 제외하는 제도입니다.
대표적인 대상은 다음과 같습니다.
- 일정 요건을 갖춘 등록 임대주택
- 사원용 주택과 기숙사
- 주택건설업자의 미분양주택
- 주택건설을 위해 취득한 멸실예정주택
- 주택건설사업자가 취득한 주택신축용 토지
- 등록문화유산주택 등
임대주택은 원칙적으로 과세기준일인 6월 1일 현재 실제로 임대 중이어야 합니다. 지자체 임대사업자 등록과 세무서 사업자등록도 필요합니다.
다만 6월 1일 현재 실제로 임대하고 있는 주택이라면 9월 30일까지 필요한 등록을 마칠 경우 6월 1일에 사업자등록을 한 것으로 인정받을 수 있습니다.
임대주택은 유형에 따라 공시가격, 면적, 의무임대기간 등의 조건이 다르며 임대료 인상률도 원칙적으로 5%를 넘으면 안 됩니다. 대상 여부가 헷갈린다면 홈택스의 임대주택 합산배제 자가진단을 이용하는 것이 좋습니다.
3. 일시적 2주택자도 1세대 1주택 혜택 가능
과세기준일인 2026년 6월 1일 현재 1주택과 특정 주택을 함께 보유하고 있다면 신청을 통해 1세대 1주택자 계산방식을 적용받을 수 있습니다.
일시적 2주택
기존주택을 처분하기 전에 새 주택을 취득해 일시적으로 2주택이 된 경우입니다. 신규주택을 취득한 날부터 3년 이내에 기존주택을 양도해야 합니다.
상속주택
상속받은 주택은 다음 조건 가운데 하나를 충족하면 특례 대상이 될 수 있습니다.
- 상속개시일부터 5년이 지나지 않은 주택
- 상속지분이 전체 주택 지분의 40% 이하인 주택
- 상속지분에 해당하는 공시가격이 수도권 6억 원 이하 또는 수도권 밖 3억 원 이하인 주택
지방 저가주택
공시가격 4억 원 이하인 지방 저가주택 1채를 보유한 경우에도 특례 신청이 가능합니다.
다만 지방 저가주택을 2채 이상 보유하면 이 특례를 적용받을 수 없습니다. 수도권에서는 경기 가평군·연천군과 인천 강화군·옹진군 소재 주택이 대상이 될 수 있습니다.
특례가 적용되면 기본공제는 일반 개인에게 적용되는 9억 원이 아니라 12억 원으로 늘어납니다. 연령과 보유기간 조건을 충족하면 두 공제를 합해 최대 80%의 세액공제도 받을 수 있습니다.
다만 일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택 자체가 비과세되는 것은 아닙니다. 해당 주택도 과세표준에 합산하되 납세자를 1세대 1주택자로 보아 공제 혜택을 적용하는 방식입니다.
4. 부부 공동명의 1주택, 무조건 신청해야 할까?
부부가 공동으로 1주택만 소유하고 다른 세대원이 주택을 보유하지 않았다면 공동명의 1주택 특례를 신청할 수 있습니다.
2026년부터는 지분율과 관계없이 부부가 합의해 납세의무자를 선택할 수 있습니다. 기존에는 지분율이 높은 사람이 납세의무자가 됐지만, 이제는 지분이 적은 배우자도 선택할 수 있습니다.
하지만 공동명의 특례가 모든 부부에게 유리한 것은 아닙니다.
| 구분 | 기본공제 | 세액공제 |
|---|---|---|
| 공동명의 특례 적용 | 12억 원 | 연령·보유기간에 따라 최대 80% |
| 특례 미적용 | 부부 각각 9억 원 | 적용되지 않음 |
주택 공시가격이 비교적 낮고 연령·보유기간 공제율이 낮다면 부부가 각각 9억 원씩 공제받는 것이 더 유리할 수 있습니다.
반대로 공시가격이 높거나 연령·보유기간 공제율이 높다면 공동명의 특례가 유리할 수 있습니다. 따라서 신청 전 홈택스나 손택스에서 두 방식의 예상 세액을 비교해야 합니다.
5. 주택 수에서 제외되는 과세특례도 확인
다음 주택은 신청하면 종부세 세율을 적용할 때 주택 수에서 제외될 수 있습니다.
- 요건을 충족한 상속주택
- 무허가주택의 부속토지
- 소형 신축주택
- 지방 준공 후 미분양주택
- 인구감소지역 주택
- 비수도권 인구감소관심지역 주택
이 특례를 적용하면 3주택 이상자에게 적용되는 0.5~5%의 중과세율 대신 0.5~2.7%의 기본세율을 적용받을 가능성이 있습니다.
예를 들어 총 4주택 중 특례주택 2채가 주택 수에서 제외되면 세율 적용 주택 수는 2채가 됩니다. 그러나 1채만 제외돼 나머지가 3채라면 중과세율이 적용될 수 있습니다.
올해는 인구감소지역과 비수도권 인구감소관심지역 주택도 주목할 필요가 있습니다. 2026년 1월 1일 이후 취득한 주택 가운데 지역과 공시가격 등의 요건을 충족하면 주택 수에서 제외될 수 있습니다.
다만 기존에 보유한 주택과 같은 시·군·구에 있는 주택은 대상에서 제외됩니다.
6. 지난해 신청했다면 다시 해야 할까?
지난해 합산배제 또는 과세특례를 신청했고 신고 내용에 변동이 없다면 올해 다시 신청하지 않아도 계속 적용됩니다.
하지만 다음과 같은 변화가 있다면 9월 30일까지 변동 또는 제외 신고를 해야 합니다.
- 합산배제 부동산의 소유권이나 면적이 달라진 경우
- 임대사업자 등록이 말소된 경우
- 임대료를 5% 넘게 인상한 경우
- 기존 합산배제 요건을 충족하지 못하게 된 경우
특히 임대주택 등록이 말소되는 등 요건을 잃었는데도 제외 신고를 하지 않으면 추후 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추가로 납부할 수 있습니다.
7. 신청 후에도 지켜야 할 조건
종부세 합산배제와 과세특례는 신청만 하면 끝나는 제도가 아닙니다. 혜택을 적용받은 뒤에도 정해진 조건을 지켜야 합니다.
- 일시적 2주택자는 신규주택 취득일부터 3년 이내 종전주택을 양도해야 합니다.
- 멸실예정주택은 취득일부터 3년 이내 멸실해야 합니다.
- 주택신축용 토지는 취득일부터 5년 이내 사업계획 승인을 받아야 합니다.
- 임대주택은 의무임대기간과 임대료 증액 5% 상한 등을 지켜야 합니다.
이러한 조건을 충족하지 못하면 그동안 줄어든 종부세와 이자상당가산액이 추징될 수 있습니다.
마무리
2026년 종부세 합산배제와 과세특례는 대상자가 직접 신고하거나 신청해야 혜택이 반영되는 경우가 많습니다.
특히 올해 주택을 새로 취득했거나 상속받은 사람, 일시적 2주택자, 부부 공동명의 1주택자, 등록 임대주택 보유자라면 적용 가능성을 확인할 필요가 있습니다.
신청 마감일은 9월 30일입니다. 다만 모든 특례가 무조건 세금을 줄여주는 것은 아닙니다. 특히 부부 공동명의 1주택자는 특례 적용 전후의 예상 세액을 비교한 후 신청하는 것이 안전합니다.
개별 주택의 적용 여부가 불분명하다면 관할 세무서 또는 국세상담센터 국번 없이 126을 통해 확인할 수 있습니다.